Основними завданнями сектору внутрішнього аудиту є надання Голові Служби, керівникам територіальних органів, підприємств, установ та організацій, що належать до сфери управління Служби, об’єктивних і незалежних висновків та рекомендацій щодо:
- функціонування системи внутрішнього контролю, та її удосконалення;
- удосконалення системи управління;
- запобігання фактам незаконного, неефективного та нерезультативного використання бюджетних коштів та інших активів;
- запобігання виникненню помилок чи інших недоліків у діяльності.
Сектор відповідно до покладених на нього завдань проводить оцінку:
- ефективності функціонування системи внутрішнього контролю;
- удосконалення ступеня виконання і досягнення цілей, визначених у стратегічних і річних планах;
- ефективності планування і виконання бюджетних програм та результатів їх виконання, управління бюджетними коштами;
- якості виконання контрольно-наглядових функцій, завдань, визначених актами законодавства;
- використання і збереження активів та інформації;
- управління державним майном;
- правильності ведення бухгалтерського обліку та достовірності фінансової і бюджетної звітності;
- ризиків, які негативно впливають на виконання функцій і завдань апаратом Служби, її територіальними органами, підприємствами, установами та організаціями, що належать до сфери управління Служби.